Pada lewat 2008 Yamaha mengumumkan mereka akan membebaskan satu serba baru R1 untuk 2009. Baru R1 mengambil teknologi enjin daripada basikal M1 MOTO GP dengan nya crossplane syaf, motosikal pengeluaran pertama berbuat demikian. Teknologi Crossplane, meletakkan rod sambung yang setiap 90° daripada yang akan datang, dengan satu selang pembakaran tak rata 270°- 180°- 90°- 180°. Idea teknologi ini adalah bagi mengurangkan syaf yang dalaman kilas, oleh itu memberi baru R1 satu penyampaian kuasa yang lebih linear.Yamaha mendakwa basikal akan memberi penunggang 'dua enjin dalam satu', kilas rendah sepasang kembar dan langkah cemas satu sebaris empat. Seperti penjelmaan semula sebelumnya R1 2009 model menyimpan nya YCC-T (Cip Yamaha Throttle Yang Terkawal)

Satu lagi kemajuan dimasukkan ke dalam 09 model adalah D-Mode Throttle Control Valve Mapping yang membenarkan seorang penunggang bagi memilih antara 3 buah peta berbeza bergantung persekitaran penunggang itu. Setiap cara operasi kawal ciri-ciri YCC T mengubah bagaimana R1 bertindak balas ke pemandu input. Mod pertama itu adalah Standard Mode, yang menghantar prestasi untuk satu kepelbagaian luas syarat-syarat pemanduan. Mod kedua itu adalah "SATU" mod yang akan memberi seorang penunggang lebih banyak kuasa bolehsedia dalam diturunkan kepada pertengahan julat RPM. Mod ketiga itu adalah "B" mod, yang adalah satu latar dail bagi mod yang sebelumnya, direka untuk melembutkan menjerut sambutan dalam cuaca lembap dan berat lalulintas.Pendikit D Mode kawalan dikawal melalui penunggang terus satu depan butang mod dekat pendikit.

Pengendalian keseluruhan R1 telah dipertingkatkan melalui beberapa perubahan untuk membingkai dan penggantungan. Satu bingkai kapal selam yang baru sedang direka bentuk untuk 09 R1 yang adalah magnesium yang dibuang dalam satu serat karbon acuan. Kapal selam baru ini bingkai menawarkan kuasa terulung untuk nisbah berat, manakala membantu menyimpan jisim lebih rapat untuk pusat graviti dan kemudiannya memberi basikal prestasi pengendalian lebih besar. Kejutan bahagian belakang pada 09 tawaran redaman laju boleh ubah serta mudah untuk mencubit prabeban melalui satu pelarasan skru. Kejutan belakang kini sambung di bawah lengan buaian rangkaian berbeza terus; satu perubahan daripada tahun-tahun sebelumnya Penggantungan depan mengambil nya tanda-tanda daripada M1 sebagai garpu yang kiri pemegang-pemegang redaman mampatan manakala kawalan-kawalan yang tepat tugas-tugas lantunan. Seperti satu bonus tambahan untuk pengendalian keseluruhan dan keselamatan, ini merupakan tahun pertama pemaju-pemaju Yamaha termasuk satu batang kemudi elektronik pelembap sedang satu pengeluaran R1.

Pandangan keseluruhan R1 telah bertukar secara drastik relatif untuk satu perbandingan beriringan antara model tahun lepas dan 09. Kelihatan nyata, 09 pandangan lebih padat dan boleh dibandingkan untuk saiz R6r. Pusat naik ekzos pada 09 berbanding untuk tahun-tahun sebelumnya kelihatan jumlah yang agak banyak lebih besar dalam saiz yang disamakan untuk tahun-tahun sebelumnya, beberapa penghormatan dijangka dalam untuk perubahan dalam pengeluaran kawalan-kawalan. Depan telah klasik sama r1 bentuk, walaupun lokasi pengambilan udara dan reka bentuk lampu depan telah diperbaharui pada 09 model;menggunakan hanya lampu-lampu projektor dan menggunakan baru ditemui mereka ruang dalam kon hidung untuk menyambungkan melanggar udara tiub-tiub lain lampu. Empat skim-skim warna telah dibebaskan untuk 09 Model: Biru / Black; Merah / hitam; White / Red; Kuning / Black.